V tehdejším klášteře minoritů a klarisek na předhradí znojemského hradu bylo dočasně pochováno mrtvé tělo krále Přemysla Otakara II. a to v letech 1279-97. V 16. století vystřídali minority františkáni, kteří za vlády Marie Terezie přistavěli špitál.
Po zrušení kláštera r. 1784 byly budovy adaptovány pro věznici a vojenskou vychovatelnu, od roku 1949 je využívá muzeum.
Vedle sezónních výstav jsou přístupné stálé muzejní expozice: Živá příroda Znojemska, Neživá příroda Znojemska, Pravěcí zemědělci, Černé řemeslo a Zbraně Orientu.
